e-HR系统运行风险来自于系统的几类关键用户：一是业务管理人员的使用习惯和使用规范；二是直线经理和员工的参与度；三是企业高层的使用价值和用户体验；另外，对于那些存在大量下属单位的集团企业而言，还存在着总部如何带动下属单位规范和深度应用的问题。
从业务管理人员的使用习惯和使用规范来看，很多业务管理人员仍然习惯原有的纸质操作或者Excel方式，寻找各种理由消极使用。必须承认，任何系统都不可能完全满足业务管理人员的所有需求，同时在系统使用初期，由于不熟练而会带来一定的学习成本，如何尽量缩短学习期、建立使用习惯是一个挑战。
从直线经理和员工的参与度来看，我们时常说“直线经理是人力资源管理的主体”，而且，随着e-HR的理念和技术的发展，全员应用正成为基本潮流，员工的参与能够大幅提高人力资源管理服务满意度。而很多企业的e-HR系统还仍只是HR的“独角戏”，缺乏直线经理和员工的参与，其价值大打折扣。
从企业高层的使用体验和系统对他们的实际价值来看，企业内的各个业务系统都在“争夺”企业高层的电脑桌面，因为只有当某一系统获得了高层的关注和深入参与，这一系统才能够稳步发展。很多企业的e-HR系统没有为高层提供价值，或者高层的使用体验很差，那么来自企业高层的质疑就是e-HR项目运行中的一个巨大的问题或风险。
从下属单位对e-HR系统的规范和深度应用来看，对于那些具有大量下属单位的集团企业而言，如果采用大集中部署模式，过度强调集中统一而忽视了下属单位的个性化需求，这时下属单位就会消极应用系统。但消极应用的更主要原因往往在于其尚未认识到系统的价值，或者系统缺乏对下属单位有力的服务支持。无论如何，下属单位的消极应用将会成为e-HR项目运行中的一个问题或风险。
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